1243 Kösedağ savaşından sonra Moğollar Anadolu'yu kesin bir şekilde hakimiyet­Ieri altına aldılar Sultan II. Keyhüsrev, Şemseddin İsvahhani'yi Moğol sultanı Batuhan'a elçi göndermiş, anlaşma yapılmasını sağladığı için o Kırşehir ita amirliği ile subaşılığına getirilmiştir. IV. Kılıçaslan zamanında Caca oğlu Nureddin, 1262'de Kırşehir' suba­şısı olmuştur. İl onun zamınında çok gelişmiş, bayındır bir il haline gelmiştir. Caca oğlu Nureddin Bey güvenlik ve barışa önem vermiştir. İlde Cacabey Medresesi ve külliyesini kurmuştur. Memluk Sultanı Baybars 1277'de Anadolu'ya gelerek Elbistan'da Moğolları yenilgiye uğratmış, Selçuklu ordusunun bir bölümü bu savaş sırasında Memluklular'a katılmıştır. Cacabey de, kardeşi ile Mısır Memluk Sultanı Baybars'a esir düşmüştür. Baybars, esirleri serbest bırakınca Cacabey Kırşehir'e dönmüştür.

Cacabey, Türk halkını koruması, yüksek bir ahlaka sahip olması özü-sözü pek bi­ri olması dolayısıyla Anadolu'da çok sevilmiştir. Öz Türkçe konuşup Türk kültürünün ve eserlerinin Kırşehir ve Anadolu'ya yayılmasına öncülük etmiştir. Cacabey XIII.yy.da Anadolu'da yaşamış olan diğer Türk büyüklerinden Hacı Bektaşi Veli, Mevlana Celalettini Rumi ile de görüşmüş, hatta onların övgülerine bile mazhar olmuştur.

Nureddin Cacabey'in 1272'de Kırşehir'de kurmuş olduğu Cacabey Medresesi onun adını ebedileştirmiştir. Bu medrese aynı zamanda bir rasathane idi. Batı Türkis­tan'da Uluğ Bey'in rasathanesine ise Selçuklular zamanında Kırşehir Cacabey rasatha­nesi de o derece önemli idi. Bugün cami olarak kullanılan bu medresenin dış köşelerin­de sütunlar, uzay araçlarına benzetilmektedir. Cacabey medresesinde eğitim tamamen Türkçe idi. Türk dilinin Fars kültürü içinde erime tehlikesi altında bulunduğu sırada Cacabey, bir kurtarıcı olarak Türklüğ'ü ayakta tutmuştur. Bu sebeple Ahi Evran, Aşıkpaşa, Hacı Bektaşi Veli, Ahmet Gülşehri gibi alim ve şairler eserlerini öz Türkçe yazmışlardır. Bu nedenle Türk tarihinde Cacabey'in önemi büyüktür. Cacabey, Rum tekfurları ile yaptığı bir çarpışmada şehit düşmüştür (1301). Türbesi Cacabey Medresesi yanındadır.

Selçukluların başına II. Mesut'un geçtiği dönemde İlhanlı komutanı Baycu Noyan, Anadolu'da bağımsız davranıyordu. Malya ovasında 300.000 kişilik bir ordu Baycu No­yan'ı yenilgiye uğratmıştır. Bundan sonra Kırşehir ve çevresi yakılıp, yıkılmıştır. Ülke dörde ayrılmış; Kırşehir ve yöresi Şerafettin Osman'a bırakılmıştır. Yöre halkı bu dö­nemde vergilerin ağırlığından bunalmıştır. 1317'de İlhanlı hükümdarının kardeşi Timur­taş Anadolu'da düzeni sağlamış ve 1322'de bağımsızlığını ilan etmiştir. Timurtaş, Anadolu karışınca Memlükler'e sığınmıştır.